Méthodes à noyaux pour la classification de séquences d’ADN

Data challenge Kaggle du cours du MVA Kernel Methods for Machine Learning : classification binaire de séquences d’ADN sur trois jeux de données, avec des méthodes à noyaux implémentées de zéro.

• Noyaux sur chaînes implémentés de zéro : spectrum, mismatch et gapped k-mer (plus des noyaux gaussiens sur des plongements numériques) ;
• Combinaison de noyaux (produits, sommes et poids choisis par alignement noyau–cible) ;
• SVM à noyau, avec le programme quadratique résolu par OSQP, et sélection de modèle par validation croisée.