Projets

sept. 2026 – aujourd'hui

Thèse : aligner apprentissage profond et concepts écologiques — méthodes explicables pour la modélisation de la biodiversité

Inria Grenoble (Thoth) & LECA, Université Grenoble Alpes
Encadrants : Karteek Alahari, Hadrien Hendrikx, Sara Si-Moussi

Comment inférer des interactions écologiques à partir des représentations latentes de modèles profonds entraînés sur des données de biodiversité hétérogènes ? Des représentations interprétables, alignées sur des concepts, pour des données écologiques multimodales — de la découverte de concepts dans les modèles de fondation à des représentations interprétables par construction.

  • Interprétabilité
  • Apprentissage de concepts
  • Biodiversité

avr. – août 2025

Encodage et apprentissage inspirés des neurosciences pour des représentations robustes

OIST, Okinawa, Japon
Encadrant : Pr Makoto Yamada

Combiner des neurones oscillants (AKOrN) et un objectif auto-supervisé inspiré de l’hippocampe (PhiNet) pour apprendre des encodeurs qui résistent aux perturbations adverses sans entraînement adverse. Accepté au workshop WiML @ NeurIPS 2025 ; prolongé dans une prépublication arXiv en 2026.

  • Robustesse
  • Auto-supervision
  • Inspiré des neurosciences

hiver 2025

Méthodes à noyaux pour la classification de séquences d'ADN

MVA — Kernel Methods for Machine Learning

Data challenge : classer des séquences d’ADN avec des noyaux sur chaînes implémentés de zéro (spectrum, mismatch, gapped k-mer), combinés par alignement noyau–cible et utilisés dans un SVM résolu avec OSQP.

  • Méthodes à noyaux
  • Séquences d'ADN

avr. – juil. 2024

Apprentissage profond et calcul bayésien approché pour l'inférence de modèles à sites finis

Université Columbia, New York, États-Unis
Encadrant : Simon Tavaré

Un réseau de neurones apprend des statistiques résumées de séquences d’ADN, qui alimentent un ABC séquentiel adaptatif à forêts aléatoires pour inférer les paramètres de modèles évolutifs à sites finis ajustés à des données de cancer.

  • Inférence par simulation
  • Apprentissage profond
  • Génomique

nov. 2022 – févr. 2023

Propagation des ondes sonores et géométries d'invisibilité

École polytechnique
Encadrant : Pr Lucas Chesnel

Comment la solution d’une EDP de propagation des ondes dépend de la géométrie du domaine, et sous quelles conditions la réflexion disparaît ou la transmission devient parfaite.

  • EDP
  • Ondes